総合学科とは、普通教科と専門教科を総合的に学習できる新しい学科【1994年度(平成6年度)より制度化】、で、普通高校と専門高校（農業・商業・工業・福祉高校など）の特徴をあわせ持っています。

　総合学科では、生徒全員が共通で受ける授業の他に、「選択科目」と呼ばれる、自分で選ぶことができる授業が多く用意されているので、生徒一人ひとりの興味・関心や進路に合った学習ができます。

　小鹿野高校では、約８０の選択科目を用意していますが、それを将来の進路等を考え４つのグループ（系列と呼びます）と自由選択科目に分けています。その４系列とは「情報・ビジネス系列」、「福祉・生活系列」、「郷土・環境系列」それに「国際教養系列」です。２年生になると、この４つの系列からひとつを選びます。自分の系列以外の系列に属する科目を、興味・関心に応じて選ぶこともできます。
　たとえば、次のようなケースも可能です。
〇郷土・環境系列の科目を中心に学習しているＡさんが、自由選択科目の「英語会話」や「リビングデザイン」を選択する。
〇国際教養系列のＢ君が、情報ビジネス系列の「情報デザイン」を選択する。
　このように多くの選択科目の中から、生徒自身の興味・関心、進路希望等にあわせて学ぶ事ができます。